微生物或動植物細胞在合適的培養基、PH值、溫度和通氣（或厭氣）等發酵條件下進行生長和合成生物活性物質，在其發酵液中包含了菌（細胞）體、胞內外代謝產物、胞內的細胞物質和剩余的培養基殘分等，不管人們所需要的產物是胞內還是胞外的，都要首先進行發酵液的預處理和固液分離開，才能進行后續操作。
1、發酵液的預處理：
（1）發酵液的基本特性：
1）發酵產物濃度較低，大多為1～10%。
2）懸浮物顆粒小，細胞的相對密度與培養液相似。
3）可壓縮。
4）液體粘度大，大多為非牛頓流體。
5）懸浮狀態穩定。
（2）發酵液預處理的必要性：
由于所需要的產物在發酵液和菌體中濃度很低，并與許多雜質夾雜在一起，發酵液或生物溶液屬于非牛頓流體，所以必須進行預處理。
（3）發酵液預處理的目的：
1）改變發酵液的物理性質，促進從懸浮液中分離固形物的速度，提高固液分離效率。
2）盡可能使產物轉入便于后處理的一相中（多數是液相）。
3）去除發酵液中的部分雜質，以利于后續操作。
（4）發酵液預處理的方法：
1）凝聚和絮凝。
2）加熱。
3）調節懸浮液PH值。
4）去除雜蛋白質。
5）去除高價無機離子。
6）加入助濾劑和反應劑。
2、發酵液的固液分離：
（1）發酵液固液分離的目的：
1）收集胞內產物的細胞或菌體，分離除去液相。
2）收集含生化物質的液相，分離除去固體懸浮物，如細胞、菌體、細胞碎片、蛋白質的沉淀物和它們的絮凝體等。
（2）影響發酵液固液分離的因素：
1）發酵液中懸浮物顆粒的大小。
2）發酵液的粘度。
（3）常見的固液分離方法：
1）離心沉降。
2）過濾。
3）膜分離。
4）雙水相萃取。
5）擴張床吸附。
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