為使我院的保密工作做到有章可循，走上制度化、規范化的管理軌道，自1984年以來，我院共制定了20幾項保密規章制度，其中科技方面的有科技保密規定、科技保密管理規定、公布宣傳報道科技技術文稿保密審查暫行規定、出國科技論文、學術報告保密制度審查規定、涉外科技展覽、技術出口項目審查辦法等。
　　由于我院是一所多學科、多專業綜合性的地方農業科研機構，擁有較多的科研成果和內部科技秘密，它們是科研人員勞動和智慧的結晶，凝聚了科研人員的心血。雖然，我院涉及國家秘密的事項不是很多，但保護知識產權、嚴防科技成果流失任務很艱巨，特別是人作為科技載體，僅靠加強思想教育是不夠的。因而制定、完善相應的制度，采取有效的措施，防止科技成果流失，擺到了議事日程。為此，1994年我院制定了《北京市農林科學院關于防止科研成果外流的暫行規定》這個規定首先明確了我院的科技成果范圍和處罰辦法，即科技成果范圍包括國家批準的發明專利項目；品種的親本；疫苗、農藥和肥料的配方；果樹、花卉、苗木和畜禽的原原種；屬于特有的品種資源、技術決竅；其它各類與科技成果相關的試驗技術、數據、材料。對造成科技成果流失、泄露科技秘密的個人，不管其是否得利，均可視情節給予以下1項或多項處罰。
　　1．取消年度獎金、咨詢費分配資格；
　　2．取消1次分房資格；
　　3．減報或停報醫療費；
　　4．取消l——2次技術職務晉升資格，直至降低或取消技術職務；
　　5．取消1—2次工資晉級資格，直至降低或取消工資；
　　6．免除行政職務；
　　7．解聘或開除公職。
　　對擅自轉讓、開發技術成果非法得利的，沒收其全部所得，并處其所得1——2倍的罰款。
　　1997年為進一步加強科研成果、技術的管理力度，我院紀檢委與監審處聯合制發了《北京市農林科學院關于依法保護知識產權。嚴防科技成果流失的通知》，將這項工作納入法制管理的軌道。在此通知中，不僅重申了院紀委、監察處是科技保密工作的監督檢查部門，而且要圍繞保護知識產權法律、法規及我院關于防止科學研究成果流失的規定的落實，加大監察執法力度，對黨員、干部嚴格要求，嚴格管理，嚴格監督。同時，根據工作需要到各單位巡視，了解科技保密工作的貫徹執行情況。發現問題首先對有關責任人進行調查核實，需要立案的，按有關規定報批，對嚴重違法違紀的，不管涉及到誰，都要一查到底，對造成科研成果流失的，依法給予黨紀、政紀處分，構成犯罪的，依法追究刑事責任。
　　各研究所還根據本所情況，相應制定了本所的制度。例如：我院的蔬菜研究中心，針對本所與國內外的交流頻繁，人員互訪、合作研究多的情況，制訂了蔬菜研究中心保密工作規章制度，其中主要有《蔬菜研究中心保密工作管理辦法》k蔬菜新品種成果保密條例》、《北京市蔬菜種質改良實驗室科學技術保密規定》。
　　在《蔬菜研究中心保密工作管理辦法》中明確規定各課題上報、轉讓科研成果、申報專利均需報本單位領導審批。在上報前，課題主持人應對本課題檔案劃分密級提出對內對外保密范圍措施，科技人員及其他人員在調離本單位及退休前，應將從事專業全部材料移交、歸檔。科技人員在流動中不得將本人在工作中掌握的，由本單位擁有的技術秘密非法披露給用人單位，轉讓給第三者或者自行使用。
　　在《蔬菜新品種成果保密條例》中對蔬菜新品種成果的權益、蔬菜新品種成果及其轉讓與開發中的保密內容都作了詳細具體的規定。例如：蔬菜品種的原始材料、中間材料、親本以及育種程序、數據資料、蔬菜新品種的繁育基地的地點、繁種的品種與數量、基地聯系人；蔬菜新品種開發、銷售策略計劃、種子經零價格的安排；蔬菜新品種包裝版面（包括品種照像底片）均屬保密內容；參與蔬菜新品種成果的開發人員，不得私自留用親本或生產用種。原則上，親本或原原種由主持人或有關負責人掌握，無關人員不得參與親本的制種與保管工作；蔬菜新品種制種過程中，親本或原原種要嚴格按需要發放，并及時收回多余的親本或原原種，嚴防制種單位或個人私自留用或挪作它用。
　　在《北京市蔬菜種質改良實驗室科學技術保密規定》中要求，凡進人實驗室的工作人員，一律先進行保密知識教育，并與實驗室簽訂聘任合同和保密責任書。凡是實驗室的正式人員一律不準業余兼職，也不準從事與本技術領域有關的技術和經濟的咨詢和服務。保密項目的檔案，應準確地標明密級，并堅持專人專柜管理。項目研究的技術路線和實驗結果必須記錄在實驗室特定設置的記錄本上。實驗記錄本要按順序編號，每本要編頁碼，不得撕頁，實驗記錄本用完用交保密員歸檔保存。客座及外聘人員在與實驗室簽訂工作合同時要同時簽訂保密協議，遵守實驗室的保密規定，對發表文章和申報成果承擔保密責任。對于合作研究，要在協議中明確保密范圍、時間及知識產權的隸屬關系。