投標文件副本是與正本相對而言的，兩者既有聯系又有區別。副本一般不予保存，所以副本大量積壓與處理的問題顯得較為迫切。什么時候處理，如何處理，處理過程中的投標人商業秘密如何保護，這些問題要妥善考慮。

　　副本處理的時間問題。不宜過早也不宜過遲，關鍵是要掌握分寸，一般看來，招標投標項目履約結束以后應該是處理副本的最佳時機，既保證了招標項目對于副本的需求，也考慮到了過多的副本保管上的成本與風險。但所有采購項目不可能同時結束，而一單一做的零星處理不科學也不經濟，因此，可以以某基年作為時間段，兩至三年以后可以集中處理副本，這樣一來能夠兼顧到具體采購項目履行時間上的間隔性，也能夠更加效能地解決存放成本問題。

　　副本處理要注意保密性。副本處理不是簡單地把投標副本送到廢品站或者造紙廠，必須要履行一定程序，進行一些必要的技術處理。首先要統計出被處理副本的數量、編號、項目名稱，這些統計工作由檔案室來完成，其實這方面應該都有現成的資料，據此制作副本處理清單。其次，要邀請政府采購監管部門，單位紀檢室，必要時也可以邀請公證機關進行監督，對副本的處理進行見證，并且簽字留擋。第三，在相關人員的監督下，由工作人員進行碎紙化處理，必須要保證每一本副本按照保密性的要求進行適當處理，可以請檔案館工作人員進行現場指導，嚴格按照保密性的要求進行處理，然后把處理過的碎片運抵廢品站或造紙廠。這些過程看起來似乎十分簡單，但是要真正做到這些規定，還是比較困難的，主要是大家對于副本處理的重視性認識不足，甚至認為這種保密性的處理是小題大做，而一旦被投標人一紙訴狀告上法庭時才感到事態的嚴重，那時悔之晚矣。